Dopo l'arrivo degli Aragonesi, nel 1355, Capoterra fu dato in feudo a Giovanni Villana; successivamente, dal periodo spagnolo a quello piemontese, tale feudo fu tenuto dai Zapata. Sono presenti antiche chiesette dedicate a San Gerolamo ed a Santa Barbara, che presenta iscrizioni risalenti al XIII secolo. Abbandonato nel XIV secolo a causa dei continui saccheggi, fu poi ricostruito nel XVII secolo da abitanti che provenivano da villaggi del Logudoro. Nel 1820 fu realizzata la prima linea ferroviaria della Sardegna, che congiungeva la miniera di ferro di S. Leone con il porto ormai non più esistente in loc. Maramura.

Nel corso degli ultimi decenni il Comune di Capoterra ha registrato una crescita demografica continua che lo ha portato ad avere una popolazione pari ad oltre il doppio di quella registrata nel 1971 essendo passata da 8.028 unità a oltre 20.000 unità del 1999. Altra caratteristica è rappresentata dal fatto che nel suo territorio comunale sono nate numerose zone residenziali extraurbane rilevanti soprattutto dal punto di vista turistico. Le più importanti: Poggio dei Pini nella zona collinare, Torre degli Ulivi e Frutti d'Oro nella zona marina.